ひげぽん OSとか作っちゃうかMona-に触発されて、emacsでperlのsyntaxをチェックしてくれないものかと探していたら、cperl-modeの中にすでにありました。

cperl-check-syntax

ただ、こいつは mode-compile.el が必要なのに、debian のパッケージには存在していませんでした。
で、mode-compile.el の元サイト から、取得。
無事、perlのシンタックスチェックができるようになりました。
あとは、after-save-hookに追加すれば、保存時の自動チェックのできあがり。。。

とはいうものの、出力がちょっと大袈裟すぎるので、現在のところは、キーバインドしただけ。